| 図鑑ＴＯＰ | 科名索引 | 種名索引 |
| 科名 | 属名 | 種名 | 学名 | code1 | code2 |
| ブナ科 | シイ属 | オキナワジイ | Castanopsis sieboldii subsp. lutchuensis | 20402 | 11750 |
| ブナ科 | コナラ属 | オキナワウラジロガシ | Quercus miyagii | 20402 | 11960 |
| ニレ科 | ウラジロエノキ属 | ウラジロエノキ | Trema orientalis | 20501 | 12250 |
| クワ科 | イチジク属 | ホソバムクイヌビワ | Ficus ampelas | 20503 | 12430 |
| クワ科 | イチジク属 | アカメイヌビワ | Ficus bengutensis | 20503 | 12440 |
| クワ科 | イチジク属 | オオバアコウ | Ficus caulocarpa | 20503 | 12460 |
| クワ科 | イチジク属 | イヌビワ | Ficus erecta | 20503 | 12470 |
| クワ科 | イチジク属 | ムクイヌビワ | Ficus irisana | 20503 | 12510 |
| クワ科 | イチジク属 | ガジュマル | Ficus microcarpa | 20503 | 12520 |
| クワ科 | イチジク属 | オオイタビ | Ficus pumila | 20503 | 12540 |
| クワ科 | イチジク属 | オオバイヌビワ | Ficus septica | 20503 | 12550 |
| クワ科 | イチジク属 | アコウ | Ficus superba var. japonica | 20503 | 12560 |
| クワ科 | イチジク属 | ギランイヌビワ | Ficus variegata var. sycomoides | 20503 | 12580 |
| クワ科 | イチジク属 | ハマイヌビワ | Ficus virgata | 20503 | 12590 |
| クワ科 | ハリグワ属 | カカツガユ | Maclura cochinchinensis var. gerontogea | 20503 | 12620 |
| クワ科 | クワ属 | シマグワ | Morus australis | 20503 | 12630 |
| イラクサ科 | ハドノキ属 | ヌノマオ | Pipturus arborescens | 20504 | 13300 |
| ヤドリギ科 | オオバヤドリギ属 | ニンドウバノヤドリギ | Scurrula lonicerifolius | 20703 | 13490 |
| モクレン科 | オガタマノキ属 | タイワンオガタマ | Michelia compressa var. formosana | 21201 | 16265 |
| バンレイシ科 | ポリアルティア属 | クロボウモドキ | Polyalthia liukiuensis | 21202 | 16310 |
| シキミ科 | シキミ属 | ヤエヤマシキミ | Illicium anisatum var. tashiroi | 21205 | 16360 |
| クスノキ科 | スナヅル属 | スナヅル | Cassytha filiformis | 21207 | 16410 |
| クスノキ科 | クスノキ属 | シバニッケイ | Cinnamomum doederleinii | 21207 | 16470 |
| クスノキ科 | ハマビワ属 | バリバリノキ | Litsea acuminata | 21207 | 16390 |
| クスノキ科 | ハマビワ属 | ハマビワ | Litsea japonica | 21207 | 16680 |
| ハスノハギリ科 | ハスノハギリ属 | ハスノハギリ | Hernandia nymphaefolia | 21208 | 16880 |
| キンポウゲ科 | センニンソウ属 | リュウキュウボタンヅル | Clematis grata var. ryukyuensis | 21301 | 17475 |
| キンポウゲ科 | センニンソウ属 | ヤエヤマセンニンソウ | Clematis tashiroi | 21301 | 17560 |
| マタタビ科 | タカサゴシラタマ属 | タカサゴシラタマ | Saurauia tristyla var. oldhamii | 21602 | 20445 |
| ツバキ科 | ナガエサカキ属 | ケナガエサカキ | Adinandra yaeyamensis | 21604 | 20460 |
| ツバキ科 | ヒサカキ属 | サキシマヒサカキ | Eurya sakishimensis | 21604 | 20670 |
| ツバキ科 | ヒメツバキ属 | イジュ | Schima wallichii ssp. noronhae | 21604 | 20720 |
| テリハボク科 | テリハボク属 | テリハボク | Calophyllum inophyllum | 21605 | 20820 |
| テリハボク科 | フクギ属 | フクギ | Garcinia subelliptica | 21605 | 20830 |
| フウチョウソウ科 | ギョボク属 | ギョボク | Crataeva formosensis | 21802 | 21610 |
| ユキノシタ科 | アジサイ属 | カラコンテリギ | Hydrangea chinensis | 21905 | 23520 |
| バラ科 | シャリンバイ属 | オキナワシャリンバイ | Rhaphiolepis indica | 21907 | 25902 |
| バラ科 | キイチゴ属 | リュウキュウバライチゴ | Rubus croceacanthus | 21907 | 26105 |
| バラ科 | キイチゴ属 | リュウキュウイチゴ | Rubus grayanus | 21907 | 26120 |
| マメ科 | アカシア属 | ソウシジュ | Acacia confusa | 21908 | 28205 |
| マメ科 | アカハダノキ属 | アカハダノキ | Archidendron lucidum | 21908 | 28275 |
| マメ科 | ジャケツイバラ属 | ナンテンカズラ | Caesalpinia crista | 21908 | 28350 |
| マメ科 | ジャケツイバラ属 | ハスノミカズラ | Caesalpinia globulorum | 21908 | 28360 |
| マメ科 | カワラケツメイ属 | ハネセンナ | Cassia alata | 21908 | 28410 |
| マメ科 | カワラケツメイ属 | ナンバンサイカチ | Cassia fistula | 21908 | 28411 |
| マメ科 | ドクフジ属 | シイノキカズラ | Derris trifoliata | 21908 | 28465 |
| マメ科 | モダマ属 | モダマ | Entada phaseoloides | 21908 | 28565 |
| マメ科 | デイゴ属 | デイゴ | Erythrina variegata | 21908 | 28570 |
| マメ科 | コマツナギ属 | リュウキュウコマツナギ | Indigofera zollingeriana | 21908 | 28665 |
| マメ科 | ハカマカズラ属 | ハカマカズラ | Bauhinia japonica | 21908 | 28695 |
| マメ科 | ギンゴウカン属 | ギンゴウカン | Leucaena leucocephala | 21908 | 28880 |
| マメ科 | トビカズラ属 | ワニグチモダマ | Mucuna gigantea | 21908 | 28995 |
| マメ科 | トビカズラ属 | カショウクズマメ | Mucuna membranacea | 21908 | 29005 |
| マメ科 | クロヨナ属 | クロヨナ | Pongamia pinnata | 21908 | 29070 |
| マメ科 | フジボグサ属 | フジボグサ | Uraria crinita | 21908 | 29250 |
| トウダイグサ科 | ヤマヒハツ属 | ヤマヒハツ | Antidesma japonicum | 22107 | 30860 |
| トウダイグサ科 | ヤマヒハツ属 | シマヤマヒハツ | Antidesma pentandrum | 22107 | 30865 |
| トウダイグサ科 | アカギ属 | アカギ | Bischofia javanica | 22107 | 30870 |
| トウダイグサ科 | タカサゴコバンノキ属 | オオシマコバンノキ | Breynia vitis-idaea | 22107 | 30885 |
| トウダイグサ科 | マルヤマカンコノキ属 | マルヤマカンコノキ | Bridelia balansae | 22107 | 30890 |
| トウダイグサ科 | ハズ属 | グミモドキ | Croton cascarilloides | 22107 | 30900 |
| トウダイグサ科 | セイシボク属 | シマシラキ | Excoecaria agallocha | 22107 | 31080 |
| トウダイグサ科 | カンコノキ属 | カキバカンコノキ | Glochidion hongkongense | 22107 | 31095 |
| トウダイグサ科 | カンコノキ属 | ヒラミカンコノキ | Glochidion rubrum | 22107 | 31097 |
| トウダイグサ科 | カンコノキ属 | カンコノキ | Glochidion obovatum | 22107 | 31100 |
| トウダイグサ科 | オオバギ属 | オオバギ | Macaranga tanarius | 22107 | 31110 |
| トウダイグサ科 | アカメガシワ属 | ウラジロアカメガシワ | Mallotus paniculatus | 22107 | 31120 |
| トウダイグサ科 | ヤンバルアカメガシワ属 | ヤンバルアカメガシワ | Melanolepis multiglandulosa | 22107 | 31135 |
| トウダイグサ科 | ヒトツバハギ属 | アマミヒトツバハギ | Securinega suffruticosa var. amamiensis | 22107 | 31195 |
| ミカン科 | アワダン属 | アワダン | Melicope triphylla | 22201 | 31660 |
| ミカン科 | ゲッキツ属 | ゲッキツ | Murraya paniculata | 22201 | 31670 |
| ミカン科 | ゴシュユ属 | ハマセンダン | Tetradium glabrifolium | 22201 | 31785 |
| ミカン科 | サンショウ属 | ヒレザンショウ | Zanthoxylum beecheyanum var. alatum | 22201 | 31850 |
| ミカン科 | サンショウ属 | テリバザンショウ | Zanthoxylum nitidum | 22201 | 31890 |
| ムクロジ科 | アカギモドキ属 | アカギモドキ | Allophyllus timorensis | 22304 | 32900 |
| アワブキ科 | アワブキ属 | フシノハアワブキ | Meliosma arnottiana ssp. oldhamii | 22306 | 33010 |
| モチノキ科 | モチノキ属 | ツゲモチ | Ilex goshiensis | 22401 | 33235 |
| ミツバウツギ科 | ショウベンノキ属 | ショウベンノキ | Turpinia ternata | 22403 | 34340 |